根據(jù)海關(guān)實施稽查針對的內(nèi)容和產(chǎn)生的影響，海關(guān)稽查的目標(biāo)可以分為直接目標(biāo)和最終目標(biāo)。

1．直接目標(biāo)

即海關(guān)稽查直接作用于被稽查人(企業(yè)、單位)，通過對被稽查人的會計資料、報關(guān)單證及其他相關(guān)資料和進出口貨物的稽核，監(jiān)督被稽查人進出口活動的真實性、合法性。因而，所追求的目標(biāo)是具體的、有形的、現(xiàn)實的。

2．最終目標(biāo)

即通過有計劃、分步驟的海關(guān)稽查，全面規(guī)范企業(yè)的進出口行為，提高進出口企業(yè)守法自律意識，防范或減少企業(yè)違法行為的發(fā)生，維護正常的進出口秩序。因而，所追求的目標(biāo)是整體的、無形的、長遠的。

3．實現(xiàn)海關(guān)稽查目標(biāo)的主要手段

為了防范和查究在進出口貨物的通關(guān)過程中和在保稅貨物、減免稅貨物的海關(guān)監(jiān)管期間可能發(fā)生或者已經(jīng)發(fā)生的各種走私違法情事，引導(dǎo)和規(guī)范從事進出口活動的企業(yè)守法經(jīng)營，海關(guān)在進出口貨物已實現(xiàn)脫離其控制后的規(guī)定期限內(nèi)，以稽查的方式有針對性稽核與進出口活動有關(guān)的企業(yè)賬冊、文件單證等商業(yè)記錄，并實地核查有關(guān)進出口貨物的使用情況或?qū)嶋H去向，以此保證海關(guān)對企業(yè)進出口活動的合法性、真實性進行有效監(jiān)管。