《時間的腳印》采用了闡述事物的邏輯順序來說明，從巖石可以記錄時間寫到巖石怎樣記錄時間，最后寫了讀懂巖石記錄的重大意義。具體說明順序如下：
第一部分（第1至第4自然段）引出話題，說明巖石“是記錄時間的方式中最重要的一種”。
第二部分（第5至第29自然段）分層次地詳細說明巖石是怎樣記錄時間的。這部分分二層。
第一層（第5至第21自然段）說明巖石的厚度和順序可以記錄時間。
第二層（第22至第29自然段）巖石保存了許多歷史的痕跡。
第三部分（第30、31自然段）總結全文，說明巖石記錄時間的時手意義，號召人們進一步去大自然找尋時間的蹤影，去一步步走向地下的寶庫。