夫妻雙方公積金貸款還款按以下程序扣：
1、如果夫妻雙方公積金賬戶都辦理公積金代扣業(yè)務，以一方公積金賬戶為主扣款帳戶，當主扣款帳戶扣款后還不足以償還當月應還貸款本息時，就再扣另一方公積金賬戶余額。
2、如果夫妻倆公積金賬戶余額累計不足以償還當月應還貸款本息時，就不再“代扣”，委托人應在每月還款日前向還款儲蓄帳戶（申請貸款時提供的）存入能夠按月足額劃轉(zhuǎn)的資金。
3、另外，申請多少額度，如果按單職工的額度申請的話（不超過40萬），不會有影響，如果按雙職工額度（40~70萬）申請則不能通過貸款審核。