1、劇情關(guān)聯(lián)不同。03版動(dòng)畫劇情前半以原作漫畫單行本前7卷劇情為基礎(chǔ)大幅改編，后半由于追上原作漫畫連載進(jìn)度，為避免與連載中的原作漫畫出現(xiàn)相互沖突，轉(zhuǎn)為向原創(chuàng)故事發(fā)展；09版的是完全按照原作漫畫創(chuàng)作的，根據(jù)日本漫畫家荒川弘創(chuàng)作的漫畫作品改編的二度動(dòng)畫化作品，采用原作漫畫劇情。

2、集數(shù)不同。03版動(dòng)畫于2003年10月4日開始在日本MBS/TBS系電視臺(tái)播放第1話，直至2004年10月2日播放最終話，全長(zhǎng)51話；2009年4月5日，由BONES制作，入江泰浩任監(jiān)督，大野木寬任系列構(gòu)成的電視動(dòng)畫《鋼之煉金術(shù)師 FULLMETAL ALCHEMIST》正式開播，全長(zhǎng)64話。